Y染色体微缺失和生不生儿子没有关系，但是和少精子症、无精子症有关。换句话说，你如果是Y染色体微缺失患者，您可能连精子都没有。所以临床上，想生儿子，检查Y染色体微缺失没有意义。但是如果您是无精子症、或者极度少精子症患者，建议行Y染色体微缺失的检查。
Y染色体微缺在有正常精子的情况下不影响生儿子。Y染色体微缺失可能会影响男性的生育能力，但这并不意味着无法生育男孩。Y染色体微缺失可能会影响精子的产生或功能，从而降低生育能力，但并非所有的Y染色体微缺失都会导致完全不育。
Y染色体长臂1区1带（Yq11）上含有与精子发生有关基因，又称之为无精子因子（AZF）。AZF被定位于Yq11远端，从近到远的3个非重叠区依次为AZFa、AZFb和AZFc。其缺失的部位不一样，临床表现和处理也不一样。
