Y染色体扩增区包含9个具有睾丸特异性或富集表达的蛋白质编码基因家族，含100多个编码基因。由于扩增区的高度重复性（包含8大回文序列P1~P8），扩增区既可以进行基因转换，也可以进行(染色体内的)非等位基因同源重组(NAHR)。
扩增子可以沿着MSY以有序的方式排列，从而形成回文。扩增子(和回文)组织促进了结构变异的产生，如缺失、重复和倒位。人们普遍认为，NAHR是产生完全AZF缺失的主要驱动力。这些交换发生在具有相同取向的高度同源重复序列之间，导致它们之间遗传物质的丢失(以及姐妹染色单体中的互惠重复)。
